Auf technischer Seite weist PHP-Fusion einige Mängel auf.

Die Hauptkritikpunkte sind unter anderem feste Layouttabellen, die im Code vorgegeben sind und dadurch nur eingeschränkte Templatenutzung zulassen, die fehlenden Kommentare im Quellcode sowie der umstrittene Einsatz des Fehlerunterdrückungsoperators von PHP (@).

Des Weiteren wirken sich die vielen Datenbankabfragen inklusive der Verwendung von SELECT * negativ auf die Performance aus und gelten ebenfalls als unsauber.